免税事業者からの仕入れに係る経過措置の見直しと工事原価への影響

令和8年10月1日から、インボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れについて、仕入税額控除の経過措置における控除割合が80%から70%に引き下げられます。建設業は他業種に比べて免税事業者との取引が多く、控除できなくなった分はそのまま工事原価に乗ります。切替日をまたぐ工事を抱えている元請にとっては、実行予算の前提が変わる改正です。

改正の内容

制度開始から令和8年9月30日までの3年間、免税事業者等からの課税仕入れについては仕入税額相当額の80%を控除できる経過措置が設けられていました。

当初の設計では、令和8年10月から控除割合が50%に下がり、令和11年10月以降は控除不可となる予定でした。令和8年度税制改正でこの引き下げ幅が緩和され、適用期限も2年延長されています。改正後は80%から70%、50%、30%と段階的に縮小し、令和13年9月末をもって控除できなくなります。

負担増が緩和されたことは事実ですが、令和8年10月に80%から70%へ下がること自体は当初の予定どおりです。この時期に何も変わらないわけではありません。

原価への影響の大きさ

影響額は単純な計算で把握できます。

税抜100万円の外注費に対する消費税は10万円です。控除割合が80%であれば8万円を控除でき、控除できない2万円が原価に算入されます。70%になると控除額は7万円となり、原価算入額は3万円に増えます。差額は1万円で、税抜金額に対して1%の増加です。

工事全体で見れば、免税事業者への支払額に対して約1%の原価上昇が生じることになります。粗利率が薄い工事では、この1%が無視できない大きさになります。

切替日をまたぐ工事の扱い

控除割合の判定は課税仕入れを行った日によります。したがって、同一の工事であっても、令和8年9月中の取引は80%、10月以降の取引は70%が適用されます。

工期が数か月に及ぶ建設業では、この点が他業種と異なる負担になります。すでに受注し実行予算を組んでいる工事でも、支払いが10月以降に発生する部分については、予算作成時の前提より原価が増えることになります。着工済みの工事について、免税事業者への支払いが切替日以降にどれだけ残っているかを確認しておく必要があります。

実務として準備すべきこと

準備は三つに整理できます。

第一に、支払先の登録状況の棚卸しです。取引先ごとに適格請求書発行事業者の登録の有無を確認し、未登録先への年間支払額を把握しておけば、10月以降の負担増をあらかじめ見積もることができます。

第二に、会計システムの税区分の切り替えです。経過措置の適用を受けるには、帳簿に経過措置の適用を受ける旨を記載し、区分記載請求書等と同等の書類を保存することが要件とされています。10月1日以後の取引から控除割合70%の税区分に切り替える運用を、経理担当者との間で事前に共有しておく必要があります。

第三に、実行予算への織り込みです。今後作成する実行予算については、免税事業者への発注分の原価算入額を70%基準で計算することになります。

なお、一定規模以下の事業者について、税込1万円未満の課税仕入れにインボイスの保存を不要とする措置は別に設けられています。小口の支払いについてはこちらでカバーされるため、影響の試算からは切り離して考えることができます。適用要件と適用期間は個別にご確認ください。

価格交渉について

負担増を協力業者との取引価格に反映させるかどうかは、多くの元請が直面する論点です。

この点について、公正取引委員会はインボイス制度を理由とした一方的な取引価格の引き下げ等が優越的地位の濫用に該当しうるとして注意喚起を行っています。免税事業者であることのみを理由に、協議を経ずに支払額を減額するといった対応は取れません。

負担の分担について協力業者と話し合うこと自体は妨げられていません。重要なのは、一方的な通知ではなく双方の協議を経ることです。取引条件の変更を検討される場合は、公正取引委員会が公表している資料をご確認のうえ進めていただくことをお勧めいたします。

まとめ

令和8年10月の控除割合引き下げは、免税事業者との取引が多い建設業にとって確実な原価増要因です。影響額は支払額に対して約1%と計算でき、切替日をまたぐ工事では実行予算の前提が変わります。

支払先の棚卸しと会計システムの税区分の準備は、施行前に完了させておくべき事項です。個別の税務判断については、顧問税理士または所轄の税務署にご相談ください。